Risvan Khan datang ke Amerika untuk menemui saudaranya dan bekerja disana. Sejak lahir ia menderita Asperger Syndrome, salah satu bagian autis yang mengakibatkan ganggunan untuk berinteraksi social. Dengan bantuan saudaranya tersebut, akhirnya dia dapat diterima di perusahaan kosmetik. Mandira merupakan sosok wanita hindu India yang dapat berkarir cukup bagus di negeri paman Sam. Dia membuka sebuah salon kecantikan di pusat kota San Fransisco.
Mandira sudah bercerai dengan suaminya dan memiliki seorang anak bernama Sameer. Sebuah kebetulan akhirnya mempertemukan Khan dan Mandira ketika Khan menawarkan produk-produk kecantikanya kepada salon Mandira. Cerita pun berlanjut akhirnya mereka menikah dan hidup bahagia.

Selama kurang lebih 1 jam pertama, alur cerita berjalan cukup lambat dan membosankan. Tipikal film India dengan nyanyian dan tarianya yang khas mewarnai 1 jam pertama tersebut. Alur berubah ketika mencapai pertengahan film dan memasuki inti cerita. Adalah peristiwa 9/11 yang kemudian memunculkan stigma anti Islam di seluruh penjuru Amerika. Pria berjenggot panjang ditangkap dan kemudian dipukuli, sementara yang lainnya memilih mencukur habis jenggotnya untuk menyamarkan identitas kemuslimannya. Seorang wanita rela melepas jilbabnya agar dapat terus bekerja. Hal senada juga melanda kelurga kecil Khan dan Mandira. Sameer Khan, anak mereka yang telah tumbuh remaja dihina, dan kemudian dipukuli hingga meninggal. Peristiwa tragis ini membuat Mandira menyalahkan Khan karena telah menikahinya dan menambahkan embel-embel Khan dibelakang nama Sameer. Akhirnya Khan meninggalkan rumah dan berjanji tidak akan pulang sampai ia berhasil menemui presiden Amerika dan berkata bahwa ia seorang muslim tapi bukan teroris.

Pada titik ini, film mulai berjalan menarik dan enak untuk diikuti. Cerita ketika Khan berkali-kali berupaya menemui George Bush digambarkan oleh sutradara dengan sangat baik. Dalam perjalanannya melanglang buana, Khan sempat tinggal selama beberapa hari di sebuah kampung negro-kristen di Georgia. Perjalanannya berlanjut dan pada suatu kesempatan ketika ad airing-iringan mobl George Bush, Khan nekat berteriak: “My Name is Kan, and I’m not a terrorist!”. Kontan teriakan “terrorist” ini membuat ia menjadi pusat perhatian kamera dan pasukan pengamanan presiden. Khan akhirnya ditangkap, disiksa, diinterogasi dan dijebloskan ke penjara. Untungnya ada satu kantor berita muslim yang simpatik dengan Khan dan menuliskan bahwa ia sebenarnya tidak bersalah. Berita seputar Khan ini sampai juga ke telinga Mandira yang kemudian menolong Khan dan membebaskanya dari penjara.
Badai Katrina yang melanda Georgia menggerakkan Khan untuk menolong para korban, padahal bantuan dari pemerintah saja belum mencapai wilayah itu. Ia menolong para korban di rumah sakit, memperbaiki gereja, dan membantu pembangunan kembali daerah itu. Aksinya diliput oleh wartawan yang simpatik tadi. Akhirnya tindakan heroic ini diliput dan dibahas secara luas di media-media terkemuka di Amerika. Dalam sekejap Risvan Khan menjadi newsmaker.

Film ini mencapai klimaks ketika akhirnya Khan berhasil menemui Barack Obama, presiden Amerika yang baru dan menyampaikan maksdunya. Yup, akhirnya pesan “My Name is Khan and I’m not a terrorist” ini sampai secara langsung ke telinga presiden Amerika.